辽宁省医疗保障事务服务中心设6个内设机构（相当于正科级）： 

  （一）综合管理部：负责党群和纪检工作；负责文电、信息、档案、保密、信访、宣传等工作；负责机构编制、人事管理、离退休干部职工服务工作；负责资产管理、政府采购工作；负责中心内部审计工作。

  （二）医疗保障服务部：承担全省异地就医直接结算经办服务的事务性工作；承担省直医疗保险、公务员补助及大病救助经办服务的事务性工作；负责全省医疗保障卡制发管理相关工作；承担全省支付方式改革相关事务性工作；负责组织全省结算清算工作。

  （三）基金管理财务部：参与省级调剂金和风险基金、全省医保基金预决算草案编制工作；协助组织实施省级调剂金和风险基金筹集、使用管理等工作；负责按月对各市提交的职工医保、居民医保、大病保险等支出计划进行全量初审；协助对全省医保基金运行开展评估和预警、对全省医保资金使用情况开展绩效评价；负责中心财务管理工作。

  （四）基金运行监测部：承担全省参保登记、个人权益记录、待遇支付、费用结算等事务性工作；参与制定医保基金运行监测指标体系；负责对全省医保基金运行进行监测分析、风险研判；参与年度医疗保障计划指标、考核办法编制工作；协助开展全省经办服务标准化建设工作；开展医保基金运行、管理、使用的政策理论研究等工作。

  （五）基金监管服务部：负责受理全省医保基金违法违规行为举报投诉相关工作；负责对医保基金使用情况开展智能监控和稽核工作；配合开展医保基金反欺诈监管、飞行检查、专项检查、日常检查等工作；配合开展医保基金监管知识库、规则库的开发与应用等工作；承担省本级及异地就医医疗费用审核的事务性工作。

  （六）基金运行数据部：承担全省医保数据收集、管理、分析、共享及应用的技术实施等工作；承担全省药品、医用耗材价格及招标采购和医疗服务项目、医疗服务设施收费相关数据收集、管理、分析等工作；承担全省医疗保障信息系统建设、运行维护工作；负责相关软件开发和信息化建设工作；承担全省药品、医用耗材集中采购相关事务性工作；承担全省药品目录诊疗、项目和医疗服务设施目录的信息维护工作。