辽宁省医疗保障事务服务中心设3个内设机构（相当于正科级）： 

　　（一））党政群工作部 

　　负责党群和纪检工作；负责文电、信息、档案、保密、信访、宣传等工作；负责机构编制、人事管理、离退休干部服务等工作。负责财务管理、资产管理、政府采购、财务审计等工作。 

　　（二） 数据服务部 

　　为全省医疗保障经办系统开展参保登记、个人权益记录、待遇支付、费用结算等工作提供技术支持和服务保障；承担年度医疗保障计划指标、考核办法编制汇总工作；承担全省医疗保障数据收集、上报、管理、分析、预测、应用和精算工作；承担药品、医用耗材价格及招标采购和医疗服务项目、医疗服务设施收费相关数据收集、整理、分析等工作；承担药品、医用耗材带量采购和短缺药供应相关事务性工作。 

　　（三）医疗保障服务部    

　　承担全省异地就医直接结算经办服务的事务性工作；承担省直医疗保险、公务员补助及大病救助经办服务的事务性工作；负责全省医疗保障卡制发管理相关工作；承担全省医疗保障及医药价格收费招标采购信息系统建设、运行维护工作；负责组织相关软件开发和信息化建设工作；承担全省药品目录、诊疗项目和医疗服务设施目录的信息维护工作。